（一）办公室。负责日常工作的综合协调；负责文秘、新闻宣传、信息、会务、接待、信访、维稳、议（提）案办理、档案、机要、保密、消防、社会治安综合治理、精神文明建设等工作；负责绩效管理、目标管理、政务公开、政府采购等工作；负责信息科技建设工作；负责门户网站的管理和日常维护；负责机关管理及行政后勤管理工作；组织编写交通执法史志、年鉴、大事记。
（二）财务装备科。负责单位会计核算、财务管理等工作；负责部门预决算编制（执行）、专项资金、业务资金、内部审计、罚没收入、票据管理、会计档案、社会保险、出纳管理等工作；负责固定资产的采购和财务管理工作；负责执法装备、设施设备的使用管理；承担交通执法装备规划、规范、配置和管理工作。
（三）队伍建设科。负责干部队伍建设和思想政治工作；承担纪检监察、内部监督等工作；负责单位机构编制、人事管理、离退休人员的管理服务工作；承担执法人员教育培训、业务技能培训工作；负责党建日常工作；负责落实党风廉政建设责任制，对执法人员廉洁从政情况进行监督、检查，受理党员及群众的控告、申诉和党风廉政方面的来信来访，办理上级机关转办的党风廉政方面的案件（信件）；负责执法队伍的作风纪律建设和队伍建设宣传工作。
（四）执法监督科。负责全市交通运输综合执法工作的组织、统筹、协调、监督、指导；承担交通运输行政执法有关政策研究及法制宣传等工作；负责交通运输综合执法信访投诉事项的调查处理；拟定全市交通运输行政执法相关规定、办法和实施细则；负责执法监督和执法案件的审核把关工作；负责涉法涉诉案件的办理；负责重大行政处罚、重大行政强制备案、重大执法决策法制审核等工作；负责信用体系建设工作；组织开展行政执法评议；负责行业执法人员资格、证件管理；组织对交通运输执法案件听证、信息公开。
（五）交通工程建设执法大队。组织开展职责范围内重点公路（含国省干线公路大中修及预防性养护工程）、水运建设项目安全生产和质量监督，以及项目竣（交）工验收工程质量鉴定（检测）工作；负责对职责范围内违反公路、水运工程质量和安全违法违规行为实施行政处罚；协助市交通运输局开展信用评价、人员履约等日常管理工作；指导县区交通工程项目质量安全监督工作。
（六）航务海事执法大队。负责贯彻落实水路交通安全生产法律法规；负责辖区范围内船舶图纸设计、制造和维修有关的违法行为及通航水域的水路交通安全违法行为实施行政处罚工作；负责水路交通船舶污染防治执法工作；负责对全市水路运输及辅助业、航道、港口、船舶设计及修造等执法工作的指导。
（七）路政执法大队。拟定路政管理、超限运输管理工作制度、计划并组织实施；负责全市路政管理、超限运输管理工作的监督指导；负责超限超载运输的源头监管，超限检测站点规划、报批、建设、运行的监管工作；负责职责范围内超限超载执法工作；负责对违反路政管理、公路路产路权保护管理的违法行为进行调查处理。
（八）交通运输执法一大队：负责经开区、广元机场和利州区宝轮、三堆、白朝、金洞片区交通运输综合执法工作。负责辖区客货运输站场的站务执法监督检查。
（九）交通运输执法二大队：负责利州区嘉陵、上西片区交通运输综合执法工作。负责辖区客货运输站场的站务执法监督检查。
（十）交通运输执法三大队：负责利州区南河、河西、回龙河片区交通运输综合执法工作。负责辖区客货运输站场的站务执法监督检查。
（十一）交通运输执法四大队：负责利州区东坝、雪峰片区交通运输综合执法工作。负责辖区客货运输站场的站务执法监督检查。
（十二）交通运输执法五大队：负责利州区万缘、龙潭、大石、荣山片区交通运输综合执法工作。负责辖区客货运输站场的站务执法监督检查。
（十三）综合业务科：负责各项综合业务工作的组织、统筹、协调和指导；负责各类专项整治、专项行动、专项任务、专项工作的组织、统筹、协调和指导；负责组织协调相关专业和专项执法活动；负责协调组织全市跨区域案件、重大复杂疑难案件以及上级和其他执法部门转办交办案件的查处工作；负责职责范围内交通运输综合行政执法的督查督办工作。指导县区交通运输综合行政执法工作。
（十四）特勤大队。负责职责范围内交通运输行业安全生产执法监督工作的组织协调、监督指导；负责拟定本单位安全生产专项活动计划；组织协调开展安全生产综合检查和专项检查；负责安全生产执法监督的日常工作和目标考核；参与重点战备、抢险物资运输保障工作；负责编制应急预案，组织应急队伍建设、应急方案制定和应急演练工作，负责应急值班、应急事务和突发事件处置工作；负责职责范围内反恐、防暴工作；负责运输服务质量投诉的调查处理工作。